El presupuesto asignado a FACOEP SE es parte del que corresponde al Presupuesto del Gobierno de la Ciudad, está incluido en el Presupuesto del Ministerio de Salud de la Ciudad de Buenos Aires y es el correspondiente al Programa 2024.
Se publica anualmente en conjunto con los presupuestos detallados que componen la Ley de Presupuesto.
El presupuesto se sanciona normalmente en el mes de Diciembre de cada año y se publica en el Boletín Oficial.
Las correspondientes desagregaciones de programas se realiza al año siguiente de la publicación.