La historia de este Museo comienza el 1º de abril de 1933, cuando Quinquela ofreció al presidente del Consejo Nacional de Educación, donar un terreno de su propiedad para que se construyera en él un edificio de tres pisos.

La planta baja y el primero destinados a una escuela primaria diurna y nocturna, el segundo para el Museo de Artistas Argentinos y el tercero para su vivienda y taller.

Es así como el 19 de julio de 1936 se inauguró la Escuela Pedro de Mendoza como una nueva concepción basada en la idea del principio de integración cultural, una conjunción pictórica pedagógica que procura el mejoramiento conceptivo del niño.

Quinquela Martín aportó dieciocho pinturas murales, que realizó gratuitamente en el interior del edificio, las que ocupan todo el ancho del frente de cada aula, sobre los pizarrones, de modo que los niños pueden educar su sentimiento artístico. Trató en ellos de dignificar artísticamente el medio inmediato en que viven los escolares y trabajan sus padres, representando escenas cotidianas del barrios.

Dos años mas tarde, abrió sus puertas en el mismo edificio, el Museo de Artistas Argentinos, en el que se atesora la colección más representativas de la historia del arte nacional formada con obras de artistas para los cuales rigieron dos condiciones de admisión: que fueran argentinos y su arte figurativo. Se han reunido allí pintores de la atmósfera boquense como Daneri, Lazzari, Vento, Diomede, Stagnaro y Arcidiácono, paisajistas tales como Riccio, Tessandori y Butler, retratistas de la talla de De La Cárcova, Thibón de Libían, Alice, Gómez Cornet, Victorica, Berni, Mazzone, Ciochini, entre otros, costumbristas, cultores de interiores, de flores, de naturaleza muerta tales como Lacámera, Grasso y Pedone; de animales, paisajes regionales como Gramajo Gutiérrez, Calabrese, Cascales y otros; y de todas las expresiones que ha pintura se refiere. El Museo ostenta dignamente la representación total del país sin descuidar la incorporación de obras de precursores e iniciadores de las artes plásticas.

Además una de las salas de este segundo piso, está dedicada a los Mascarones de Proa, esas tallas en madera que constituían un destacado adorno de los barcos, ubicados con un sentido religioso o de protección ante lo desconocido e inspirados en el nombre de la embarcación, en el lugar de procedencia, o en algunos héroes de sus países de origen. Estas valiosísimas piezas datan de mediados del siglo XIX.

En 1968, Quinquela Martín donó al Consejo Nacional de Educación, para ser ubicados en el Museo, 50 grabados al aguafuerte y 27 óleos de su producción. El tercer piso de este complejo artístico educativo, se formó así con estas valiosísimas obras del singular artista boquense. Desde los salones puede el visitante dirigirse a las terrazas, amplios espacios rectangulares, en distintos niveles, en los que se encuentran esculturas de afamados artistas nacionales del nivel de Riganelli, Irurtia, Cafferata y Correa Morales entre otros. Todas las obras del Museo, por cláusula expresa, pasaron a propiedad del Consejo Nacional de Educación a la muerte de Quinquela Martín.